jquery本体というのはjquery-x.x.x.min.jsのファイルです。

(jQuery,document,window);
でエラーになっているということはやはりjquery本体(jquery-x.x.x.min.js)が読み込まれていないようです。

<script src="xxx/jquery-x.x.x.min.js"></script>
となっている個所をクリックもしくはブラウザのURL(http://[ドメイン]/xxx/jquery-x.x.x.min.js)で開くと「Not found」になるかと思います。jquery-x.x.x.min.jsを対象のフォルダに配置すれば、jquery.colorbox-min.jsのエラーも無くなり、colorboxが立ち上がるかと思います。

インストール初期の状態ですとjquery-x.x.x.min.jsファイルを削除しない限りは読み込まれないということはないと思うので、追加したテンプレートにpackages\sphone\jsが漏れているもしくはJSファイルをアップしていない等ではないでしょうか？

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