PHP4 時代に、出力バッファリングを使用してエラーハンドリングしていた頃の名残りですね。
過去のバージョンのコードで、出力バッファリングの制御がスパゲッティだったので、ここで一旦初期化しておくようにしたような記憶があります。

EC-CUBE 本体として不具合かというと、そうではないと思いますので、必要に応じてカスタマイズしていただければいいと思います。

あと、郵便番号辞書登録や、CSVアップロードの進捗表示で、逐一出力をフラッシュしないと正常に動作しなかったと思いますので、機能によっては初期化処理が必要になると思います。