注文に関わる影響範囲はかなり広く、色々な所に手を加える必要がある為、
とてもじゃないですが、ここで伝えきれる内容では無いかとと思います。
(かなり本格的なカスタマイズかと思います)

もし、変更を加えるとすれば、以下のファイルになるのではないかと思います。(データベースはdtb_orderでしょうか？）
/src/Eccube/Controller/ShoppingController.php
/src/Eccube/Entity/Cart.php
/src/Eccube/Form/Type/AddCartType.php
/src/Eccube/Form/Type/ShoppingType.php
/src/Eccube/Resource/Eccube.Entity.Order.dcm.yml
/src/Eccube/Service/ShoppingService.php
/src/Eccube/Resource/template/default/Cart/index.twig
/src/Eccube/Resource/template/default/Shopping/index.twig
/src/Eccube/Resource/template/default/Mail/order.twig
/src/Eccube/Resource/template/admin/Mail/order.twig
/src/Eccube/Controller/Admin/Order/EditController.php
/src/Eccube/Resource/template/admin/Orderedit.twig
/src/Eccube/Form/Type/Admin/OrderType.php
※1回の注文で1個の梱包なのか、1商品ごとに梱包なのかで手を加えるファイルは多少変わると思います。

以下のプラグインで要件が満たせそうな気がしますので、
プラグインの導入を検討されたほうが早いのではないかと思います。

商品オプションプラグイン for EC-CUBE3
https://www.ec-cube.net/products/detail.php?product_id=1148

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