>1.購入確認メールに、決済URLを表示する箇所はSC_Helper_Mail.phpの
>　164行目辺りの「その他決済情報」であっていますでしょうか？
処理の場所は上記の箇所で間違いないのではないかと思います。


unserializeの所が怪しいと思います。
$arrOtherが正常な配列になっていないのではないでしょうか？

こちらが原因かどうか分かりませんが、5.6からオブジェクトのserialize, unserializeの挙動が変更されているようです。
https://stackoverflow.com/questions/40831191/migrating-php-serialization-from-php-5-3-to-php-5-6
http://php.net/manual/ja/function.unserialize.php

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