nanasessさん、お世話になります。
configureのメッセージのうち、OpenSSL関係は以下の通りです。

checking for OpenSSL support... yes
checking for OpenSSL version... >= 0.9.6
checking for openssl support in libcurl... yes
checking openssl/crypto.h usability... yes
checking openssl/crypto.h presence... yes
checking for openssl/crypto.h... yes
checking OpenSSL dir for FTP... =/usr/local/ssl
checking for OpenSSL version... >= 0.9.6
checking for phar openssl support... no
checking OpenSSL dir for SNMP... =/usr/local/ssl

configureのバージョンチェックは「0.9.6以上」というものなので実際にどのバージョンを検出したのかはこれだけではわかりませんね。
pharは確かにconfigureのオプション指定はしていないんですが、EC-CUBEでは関係ないですよね。
というようなわけで、依然として問題を特定できておりません。