ご回答ありがとうございます！！

まるっとコピーが一般的なのですね。

その場合ですが、開発環境と本番環境でコピーしてはいけないファイル等あったりしますか？(app/config/eccube/以下だけコピーしないとか)
その他注意事項等あると大変助かります。

また、プラグインですが、例えば開発環境で管理画面のオーナーズストアから入れた場合でも、本番への反映はソースのコピーだけで済むのでしょうか？

度々申し訳ございません。
ご助言いただけると助かります。