処理を行っているPHPファイルについては、x002dcさんの提示された箇所になりますので、補足的な内容になるのですが、
ECCUBEには、レイアウト管理という機能が存在しており、
管理画面のコンテンツ管理＞ページ管理より各ページのレイアウトを動的に変更する事ができるようになっております。

＞ec-cubeプログラムの本来的な方法で制御したい

今回のカートエリアの非表示化については、
コンテンツ管理＞ページ管理＞レイアウト編集にて、
カゴの中ブロックを未使用ブロックエリアにドラッグして、
レイアウトから外して登録する方法が、
ECCUBEが元々想定している方法かと思います。

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株式会社シロハチ
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