ちゃんとした仕様に則って作成されたプラグインの場合、
無効化した場合は、ECCUBEの挙動にまったく影響を与えないと思います。

その為、通常では有り得ない状態になっていると思います。
もし、可能性があるとすれば、プラグインのイベント周りがおかしくなっているのでしょうか？
（商品登録時のイベントだけ無効になっている？）

一度、コンテンツ管理からキャッシュの削除を実行されてみては如何でしょうか？
もしくは項目拡張プラグインを無効化→有効化する、
項目拡張プラグインを再インストールする、でしょうか？
プラグインによっては、無効化すると設定がクリアされてしまう可能性がありますので、
（再インストールする場合は必ず設定がクリアされます）
最終的な判断はご自身で行ってください。

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株式会社シロハチ
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