利用しているデザインテンプレートで幾つかのtwigファイルがありますが、
どれを見ればよいのかわかりません。

ポイントプラグインは以下の物を使っています。

https://www.ec-cube.net/products/detail.php?product_id=1101

この説明では会員ログイン後に、商品詳細画面で利用ポイントの設定部分が出ていますが、出ません。
また、マニュアルでは『ご注文内容のご確認画面』で『ポイントを利用するボタン』が表示されると書いてありますがボタンは表示されません。