私は実際にマイグレーションでデータの移行を行った事がないので、
正しいやり方か分かりませんが、
$this->connectionで、Doctrine DBALが使えるみたいです。

public function up(Schema $schema) {}の中で、
$result = $this->connection->fetchAssoc('SELECT id, name FROM table WHERE id = 1');
のような記述が使えるのではないでしょうか？

addSqlメソッドでinsert into selectをしても良いような気もしますが。

----------------
株式会社シロハチ
■ECCUBE2系、3系構築カスタマイズご相談ください。
■EC-CUBE3マニュアル
■blog