その後ですが、

カスタマイズを購入した
https://itoben.com/blog/
「ITOBEN STYLE」さんより

＞フォーマットが違うというのは、
意味として、カラムの構成が違うということではないでしょうか？
AAA、BBB、それぞれの「dtb_category」のカラム構造が異なっているのだと思います。

と返信を頂いたので
こちらからの返信で

＞AAAというサイトを抜きで、
BBBというカスタマイズ版をインストールした直後(インストールしただけでなにもいじっていない)のサイトで
管理画面からcategory.csvをダウンロードし、それをそのままアップロードを試しても 「CSVのフォーマットが一致しません」とオレンジの文字ででるので
＞AAA、BBB、それぞれの「dtb_category」のカラム構造が異なっている
のとは違うのではと考えられます。

と送ったところ

＞申し訳ございません。
内容的に、こちらのサポート外だと思うのですが。

ときたので

＞こちらのサポート外だと思うのですが。
ということですが、

ノーマルのEC-CUBE3.・・だと
インストールした直後に↓
管理画面からcategory.csvをダウンロードし、それをそのままアップロードでは
「CSVデータが存在しません。」という正常な動作です。

カスタマイズ版をインストールした場合のみ
インストールした直後でも↓
管理画面からcategory.csvをダウンロードし、それをそのままアップロードすると
「フォーマットが一致しません」とでます。

ノーマルのEC-CUBE3.0.・・の
「CsvImportController.php」と
カスタマイズ版の
「CsvImportController.php」の中身がインストール前で若干違います。

と送ったところです。

原因に辿り着けそうにありません・・。