ご指摘のような機構が用意されていれば、ユーザーの負担が減るので良いと思いますが、どれも用意されてないようです。

>１．オリジナルテンプレートをアップした時に新しいブロックを追加する事は可能なのか？
>２．オリジナルテンプレートをアップした時にブロックの位置を指定する事は可能なのか？

アップしたあと、ブロック設定をユーザー自身にやってもらうオペレーションのようです。

参考：https://www.ec-cube.net/products/detail.php?product_id=1193

>３．オリジナルテンプレート内に新しい機能（プラグイン等）を入れておくことは可能なのか？

この機構も用意されていないと思います。