yuh 様、nanasess 様
ありがとうございます。

次の手順で新規テーブルを作成することができました。

・src 配下のファイルを参考に、app/Customize 配下に Entity, Repository ファイルを作成する。

・namespace を Eccube から Customize に変更する。

・namespace が変更されるため、Entity, Repository それぞれに次の use 文を追加する。
　use Eccube\Entity\AbstractEntity;
　use Eccube\Repository\AbstractRepository;

・コンソールで Proxy の作成と、DBへの反映を行う。
　$ /usr/local/php/7.1/bin/php bin/console eccube:generate:proxies
　$ /usr/local/php/7.1/bin/php bin/console doctrine:schema:update --dump-sql
　$ /usr/local/php/7.1/bin/php bin/console doctrine:schema:update --dump-sql --force

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