自己解決しました。

管理画面の基本設定情報の支払方法設定から「サンプル請求」を「郵便振替」と名前を入れ替えることで「サンプル請求」が１択の場合でも既選択状態にすることができました。
src/Eccube/Form/Type/ShoppingType.php のソースの改変は元に戻して、設定画面上の工夫で解決出来ました。