if (総配送料無料) {
        配送料割引フラグ = true;                    // 元は、ここで「総配送料 -= 900」してる。
        for (配送先別) {
            if (配送先別合計 < 送料無料条件) {
                総配送料 += 送料;                   // 元は、ここで「配送先別配送料 = 0」してる。
            }
        }
                                                    // 故   元は、ここでは「総送料 = -900」「配送先別送料 = 0」
                                                    //      となっており、ご希望の割引になっていない。
                                                    
        if (総配送料 != 0 && 配送料割引フラグ) {
            総配送料 -= 送料;
        }
    }