こんにちは、他の方が回答されて解決されていると思いますが、スーパーリロードすれば解決します。ファビコンはキャッシュが強いからですね…。

また、ECサイトに訪れたサイト様全員がスーパーリロードするとは限りませんので、お客様によってはファビコンが古い状態でキャッシュされている可能性もあります。

その場合は、ソースコードを触ることとなりますが、
src/Eccube/Resource/template/default/default_frame.twig 内の



となっている部分をクエリパラメータを付け加えてあげて、新しいキャッシュを作ってあげるとお客様全員が新しいファビコンになると思いますよ^^



だったり



だったり。?の後ろを調整してあげてください。