ありがとうございます。

なるほど、やはり全て出るのが正解なのですね。。。

引用：
そうですね、出ているのかもですがそれが判断できず。。。
カスタマイズの内容としては、通常３系はデフォだとカートの後にすぐ購入確認画面に遷移すると思いますが、その遷移を、
１．カート
２．届け先選択
３．支払いや配送方法選択（ここでこの件の現象が発生）
４．購入確認画面
としています。３での配送方法選択機能は、デフォルトの購入確認画面にあるものを持ってきています。
↓デモサイトでいうとここの部分ですね。
http://prntscr.com/m0wm0u
ただ、今回の場合複数配送に対応しないので、forで繰り返している箇所は配列のキーにゼロを指定して強制的に対処しています。←伝わりますかね・・・？（苦笑）

引用：
改めて確認していて気づいたのですが、特定の配送方法（以降、配送Aとします）しか表示されないようです。配送Aの商品種別を変更すると、選択欄すら表示されなくなります。もう一つの配送方法（以降、配送Bとします）は商品種別が同じなのにもかかわらず、並び順を変えても表示されていない状態です。

なにかわかりますでしょうか・・・？