もしかして、「サイトの所有権を確認する」のプロセスが完了できないという話でしょうか？

もし、サイトの所有権の確認であれば、以下のページにあるように
いずれかの方法で自分がそのサイトの所有者である事を証明する必要があります。
https://support.google.com/webmasters/answer/35179?hl=ja

手っ取り早いのは、「HTML ファイルをアップロード」ではないかと思います。
サーバにhtmlファイルをアップロードする事ができる = サイトの所有者と判断する形となります。
確認用htmlファイルをダウンロードして、ECサイトにFTP等で確認用htmlファイルをアップロード（デフォルトの場合/html直下）して、
ブラウザで確認用htmlファイルにアクセスしてページが正常に表示されるか確認します。
表示が確認できたら、ウェブマスターセントラルの確認ボタンをクリックします。
もし、ブラウザで表示が確認できない場合は、htmlをアップする箇所が間違っていると思います。
ECCUBEの/htmlを除外する設定をhtaccessで行っている、または/shop等のサブディレクトリを利用している等、
ECCUBEの設置状態によって、その辺りは変わってくるかと思います。

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株式会社シロハチ
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