注文商品の順番を並び替えるという設定は無いかと思います。
元のソースに手を加える事になりますが、/src/Eccube/Entity/Order.php 391行目付近のprivate $OrderItems;に対するアノテーションに

* @ORM\OneToMany(targetEntity="Eccube\Entity\OrderItem", mappedBy="Order", cascade={"persist","remove"})

↓

* @ORM\OneToMany(targetEntity="Eccube\Entity\OrderItem", mappedBy="Order", cascade={"persist","remove"})
* @ORM\OrderBy({
* "product_code"="ASC"
* })

のようにOrderByを指定すれば、
受注データから受注商品を取得する際、並び替えが行われた結果を取得するようになるのではないかと思います。

ただ、全ての処理に影響を及ぼす為、
メールだけでなく、
管理画面の受注詳細や、フロントのマイページ注文履歴等の順番も変わってくるのではないかと思います。

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株式会社シロハチ
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