どういった状況なのかよく分からない為、見当違いの回答かもしれませんが、
全てのマイグレーションを実行するには、
一度、アンインストールして、インストールし直すしかないのではないでしょうか？

そもそもプラグインのインストールが完了した時点で、
未実行のマイグレーションが実行されると思うのですが、
開発中のプラグインでエラーが発生し、DBへの変更が反映されないまま、
プラグインのインストールが完了したというような状況でしょうか？

その場合、私は手動でDBへの変更をSQL発行し、
マイグレーションが実行された後と同等の状態にして、プラグインをアンインストール
↓
プラグインのマイグレーションファイルを修正して、再度、
インストールを繰り返して、開発を進めます。

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株式会社シロハチ
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