> プラグインでの更新ではカスタマイズされたファイルは上書き更新されないということでしょうか。

カスタマイズが入っているファイルは上書きされるはずです。手元の環境で試したところ、は上書きされることが確認できました。

> そもそもこのカスタマイズはTwigファイル内でPHPを使いたくて https://goweb.jp/stblog4/category/study/eccube3/　を参考に行ったカスタマイズだったのですが、新しいファイルをよく見てみたらTwigでphp関数を使用できるようにする。という項目が増えていたので、これによってカスタマイズを行う必要が無くなったということでしょうか

php関数については、4.0から利用できるようになっていますね。