ご返信いただきありがとうございます。

＞上書きされることが確認できました。

確認までしてくださってありがとうございます。ということは、私の場合たまたまこのファイルを上書きしたことが解決につながっただけで、根本的な原因は解らないままということになりますね
カスタマイズされたファイルも上書きされることについては、私の方でも環境を用意して試してみようと思います。

＞php関数については、4.0から利用できるようになっていますね。

そうだったのですね。4.0.0の公開当時のファイルにはこの記述は無かった気がしたのでカスタマイズを行ったのですが、見落としていたのかもしれません。

更新のたびにカスタマイズするのもどうかと思っていたところだったので、気づけて良かったです。
教えてくださってありがとうございます