nyoraiさん、468さん、確認ありがとうございます。

この質問をしてからいろいろ試してみたのですが、
自分も方法3で管理したほうが良いかもと感じてきております。
方法1と方法2だと、プラグインの管理が難しいです。正しく動作しなくなるケースもあったりで…(これはきっと自分のGit管理の対象にする範囲が間違っているのかもですが)

環境ごとにプラグインを導入して、もしプラグインに手を入れることにあったときにそのファイルだけを管理下に置くほうがいろいろ考えなくて良いですもんね。

ご意見ありがとうございました。