まず、IDについてですがデータベースのデータを直接確認していただくのが早いのではないでしょうか？
dtb_deliveryに配送業者、
dtb_paymentに支払方法、
dtb_delivery_feeに配送業者別都道府県別送料が格納されています。
また、dtb_payment_optionで配送業者毎に利用可能な支払方法の紐付を格納しています。

ECCUBEは3系でしょうか？
送料計算は支払方法を選択した際のリロード時に行われる事になると思いますが、該当のコードは以下の箇所になります。
/src/Eccube/Controller/ShoppingController.php function payment()
デフォルトでは、支払方法切替時の処理に配送料金の再計算は含まれておりませんので、
配送業者切替時のfunction delivery()にある
foreach ($shippings as $Shipping) {
...ここで都道府県ごとの送料計算を実行
}
の記述をコピーする必要があります。
さらに、ここで配送業者がネコポスかつ、支払方法が代引きか？
判定する形になるかと思います。

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株式会社シロハチ
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