プラグインのver1.1.1のソースが手元にありましたので、
確認してみましたが、
フロントの注文内容確認画面から次の画面に遷移する際の処理は、
クレジットカードとコンビニ決済で特に分岐は無いように見受けられました。

注文内容確認画面で支払方法を選んだ際、
注文するボタンが次へボタンに表示が切り替わり、次の画面に遷移するかと思います。
その際、受注データに対して、受注情報や配送情報を更新しているようです。(ステータスを決済処理中に変更)
この段階で、DBに追加された項目にはデータは保存されていますか？
この段階でクレジットカードの時は保存されており、コンビニ決済では保存されていないという状態であれば、
この画面遷移直前の状態に何かあるかと思います。
もし、この段階ではどちらの決済でも想定通り保存されており、
この後の決済画面（クレジットorコンビニ）が完了した後に追加項目のデータが消えているようであれば、
コンビニ決済完了時に追加項目がクリアされるような処理が存在する可能性があるかと思います。

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株式会社シロハチ
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