オーナーズストア＞マイページ＞登録サイト＞
にある認証キーですが、気づくと３つ同じサイトのURLで登録されてしまっています。

3つとも、試してみました。
手順は、
・ECCUBEのメニュー＞オーナーズストア＞設定
・認証キーを設定
・設定更新後にプラグイン検索で「会員ランクプラグイン for EC-CUBE4」を検索

「購入」ボタンしか出ません。

なにとぞご教示いただけますとありがたいです。