①
EC-CUBE3のカスタマイズ方法としてはご指摘のように
- プラグインとして開発する方法
- 本体のソースコードを変更する方法
の２種類あります。

どちらの方法が良いかは一概には言えないのですが、
今回のようなケースですと、
プラグインとして展開する予定はないと言うことですので、
EC-CUBE本体のソースコード管理をする前提となりますが、
本体のソースコードを直接変更される方がカスタマイズがしやすいのではないかと思います。

## 本体のソースコードを変更する利点
- プラグイン開発と比べて比較的工数が低くなりやすい
- ソースコード管理で本体のバージョンアップに追随しやすい

②
本体のソースコードを変更する場合にはdtb_newsに新規カラムを追加する方法が適切かと思います。
Entity/News.phpとEccube.Entity.News.dcm.ymlも合わせて修正が必要になるかとおもいます。


p.s.
修正内容の③はフックポイント用の設定のため、カスタマイズでは不要かと思いました。（あっても問題ありません）