hirooさんすみません、全てプラグインを停止したら、都道府県別の送料が反映されました。今まで送料に関わりそうなプラグインだけ停止していましたが、他の関係のないようなプラグインが関わってきているようです。
hirooさんのおっしゃる通りプラグインに問題があったのかと思われます。これから１つずつプラグインを実装して、検証していきたいと思います。また解決出来たらご報告いたします。本当にありがとうございます。