ご返信ありがとうございました。

どうやら、shopping/index.twigにて
DBのの
読み込みが繰り返されるのは
dtb_deliveryに登録されている、配送方法設定の件数分だけ
テーブルから読み込まれているのが原因で、
ECCUBEの仕様でした。
（ちなみに配送方法が3300件ほど設定してありました）

この部分をカスタマイズし、対応する方針にしました。

確かに今回はサーバー環境が原因かもしれませんので、
必要事項は記入したほうがいいですね。
ご教授ありがとうございました。