それでしたらEntryTypeというクラスにkanaという要素がaddされているためで、これを何らかの方法で効かなくしてやる必要があります。
->add('kana', KanaType::class, [])

下記ファイルで定義されています。
src/Eccube/Form/Type/Front/EntryType.php


ちなみに
->add('kana', KanaType::class, [
'required' => false,
])
と書き換えてやれば、twigテンプレートから取り除かなくても必須項目で無くなります。

ただカナがなくても会員登録は可能ですが
その後の管理画面や決済などで問題が起きないかどうかは確認しておりません。

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