OrderPdfService.php function makePdfの処理を確認すると、
出荷情報をベースに処理を進めているようです。

function renderOrderDetailData()内で
$OrderItemsを$Shipping->getOrderItems()で取得しておりますが、
$Shipping->getOrder()->getOrderItems()と
Orderから受注詳細を取得するようにすれば、注文情報に紐づく商品を取得する事が出来ると思います。

送料、手数料についてもまとめて取得されると思いますが、
納品書上の表示がどうなるかまでは確認していませんので、
多少、プログラムの改修が必要となるかもしれません。

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株式会社シロハチ
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