言葉が少なくて申し訳ありません。
そうです、ORMでリレーション定義しているにも関わらず、という意味です。

外部キーが設定されないのは、プラグインよりもECCUBE本体側の動作を優先するということなのでしょうか？

例えば、プラグイン側で作成したエンティティAはProductを所有しています。

1. 外部キーが設定してあると、Productのレコード削除時に例外が発生。
2. 外部キーが設定されていないと、Productのレコード削除はできるが、プラグイン側で例外が発生。

仕様として、2.のケースを選択したと考えたのですが、いかがでしょうか？