＞なるほど、このやり方だと、ECCUBE側の設定野四捨五入・切り捨てなどが反映するのでしょうか。

訂正：
ECCUBEの「管理画面」での「設定」は「未反映」のはず。

「参考として」に「提示」しましたが「未反応」でしたので「放置」してました。

『「管理画面」での「設定」は「未反映」』については、時間が取れたら、反映Tryしてみます。

【Order.tax】は「管理画面」の「税率・端数処理」を反映しているはず。

で、この【Order.tax】が、ご指摘の「誤計算」のままだと（まだ、裏が取れてません。）、
「税抜き総合計」に「管理画面」の「税率・端数処理」を最終段階で計算する必要がありそうな気配がします。