468さんは書きました：
foreach ($Csvs as $Csv) {
はカラムのループで、その外側の
foreach ($OrderItems as $OrderItem) {
がレコードのループになります。

$ExportCsvRow = new ExportCsvRow();
～
$csvService->fputcsv($ExportCsvRow->getRow());
の間で1行分のCSVデータが作られていますので
商品コードの有無の判定を入れる箇所は上記コードの外側になるかと思います。

送料、手数料のレコードを出力しないだけなら簡単なのですが、
その情報はどこに持って行く予定でしょうか？
CSVのカラムを増やしたいのであれば、dtb_csvにレコードを追加する必要があると思います。
また、注文明細をループで順番に処理している以上、
CSVの出力処理とは別にOrderItemsの全レコードをループさせる必要があると思います。
今のままだと、1行目(商品)の注文明細のCSV出力時に
まだループで参照していない2行目(手数料)、3行目(送料)の情報を出力したいという形になるかと思いますので...