もし、config_dev.ymlを作成しているのであれば、
auth_magicの値やpassword_hash_algosの値が、
config.ymlとずれているということはありませんか？
パスワードのハッシュ化に必要な情報です。

index.phpでの更新の場合に、DBが本当に更新されていないのかどうかをまず確かめてみてはどうでしょうか？
更新されていても、上記の情報が異なればログインできません。