EntityNotFoundException: Entity was not found. (uncaught exception)

このエラーは、取得したいデータに関連するデータにdel_flgが立っている時に発生するのをよく見ます。
EC-CUBEではSoftDeleteFilter.phpというクラスでdel_flg=1のデータを取ってこないようにするfilterをかけています。
なので例えばOrderが取得できたとしても、Order->getCustomerで、削除された会員を取得しようとすると、見つからないというエラーになってしまいます。
EntityUtil->isEmptyでチェックできるようです。