ご指摘頂いた個別の操作は、それら一つ一つについてというより、「ECCUBEやインフラのような技術部分でなく、単なる操作ミス等ではないか」という主旨と理解しました。

私自身が操作作業者ではありませんので、操作が絶対どうとはお書きしにくいのですが、
在庫数設定というごく基礎的な機能に不良がある可能性は非常に低いと考え、私も一番最初に「単に数量設定を間違えていたとか、ほか操作ミス等の可能性はないか」と念押しで確認したところ、販売開始前の設定については複数の人間でダブルチェックしており、販売中は画面を触ること自体なかったので考えにくいとのことでした。


私としては、そういう人的なものも可能性の一つでありつつも、一方、基礎的な機能とはいえ質問時にお書きしたように技術的に再現しうる条件が限定されており、開発においてテストしにくい、そもそも想定されテストされているのか、という印象も正直少し持っています。

たとえば ECCUBE の changelog を見ると
https://github.com/EC-CUBE/ec-cube/releases
v4 まで重ねてもまだ
>#3978 在庫がマイナスにならないよう 0 チェックを追加
大前提のようなごく基礎的な部分に不具合があり修正が入っています。

在庫がマイナスになるなど当然あるはずがないと思い込んでいても実はそうでないこともあるようですので、
技術的、人的、可能性はどちらもありつつ、現時点では技術面で考えられる点はないか探しているところでした。

客観的には、操作ミス等ではないかというご意見を頂きましたので、あらためて念押し確認します。
コメントありがとうございます。