プログラムを確認してみましたが
apply_dateで降順に並び替えてレコードを取り出し、
1件目の税率を利用するようです。

その為、個別税率更新日時＜共通税率の適用日時順番で
税率を設定すると
共通税率のほうが有効と判定されるようです。

仕様と言ってしまえばそれまでですが、
デフォルトでは、共通税率が適用された後のみ、
個別税率の設定が有効になっていくようです。

上記の動きは私も把握していなかった為、
取り急ぎ、クライアントの環境に対しては、
データベースのapply_dateを直接操作して対応しようと思います。
(個別税率のレコードのapply_dateに2019-10-01 00:00:01をセットしようと思います)

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株式会社シロハチ
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