私の説明が下手くそで、誤解を招いたようですみません。
言葉での説明が上手くできていないようなので、具体的なSQLであたらめて質問致します。

現在のdtb_products_classテーブルはエクスポートすると以下のようになっております。
ALTER TABLE `dtb_products_class`
ADD PRIMARY KEY (`product_class_id`),
ADD UNIQUE KEY `product_id` (`product_id`,`classcategory_id1`,`classcategory_id2`),
ADD UNIQUE KEY `dtb_products_class_unique_key` (`product_id`,`classcategory_id1`,`classcategory_id2`) USING BTREE,
ADD KEY `dtb_products_class_product_id_key` (`product_id`) USING BTREE;


本来2.13.4以降では以下の状態が正しい状態かと思われます。
ALTER TABLE `dtb_products_class`
ADD PRIMARY KEY (`product_class_id`),
ADD UNIQUE KEY `dtb_products_class_unique_key` (`product_id`,`classcategory_id1`,`classcategory_id2`) USING BTREE,
ADD KEY `dtb_products_class_product_id_key` (`product_id`);


上記の状態にする為、以下SQLでproduct_idをDROPしても問題ありませんでしょうか？
ALTER TABLE `dtb_products_class` DROP INDEX `product_id`;`