同じような状況に遭遇しました。

商品別税率機能設定を有効にすると、商品規格の登録（一部変更後の上書き保存）ができなくなりました。
税率を個別に入力していない商品や、新規の登録でも同じ状態となります。

規格登録時のエラーは、保存すると一番最後の項目がきちんと内容を記入してあったにもかかわらずデータが消え、入力エラーとなるものです。
仕方なく一番最後の項目のチェックを外して保存しようとすると、全ての入力データ（在庫無制限に入れたチェックや価格）が消えてしまい、実質編集不可となります。

原因がわかず調べていたところここにたどり着き、商品別税率機能を有効にしたことに思い至り、店舗設定→基本設定から無効にしたところ、問題は解消されました。

2年前のトピックでしたので迷いましたが、ソースの改変ではなく管理画面の機能で起きたことで、おそらく同じ原因だと思われたため、ご報告を兼ねて書き込みさせていただきました。

当方の環境は以下となります。

EC-CUBE　　4.1.0
サーバーOS　　Linux
DBサーバー　　MySQL 5.7.34
WEBサーバー　Apache
PHP　　　　　7.4.25