[EC-CUBE] 3.0.15　[レンタルサーバ]ロリポップ（簡単インストール）
[OS]Linux [PHP]7.1.5
[データベース]MySQL 5.6.23-log
[WEBサーバ]Apache
[導入プラグインの有無] 無料プラグインを複数

[現象]
簡単インストールし、いくつかの無料プラグインを入れ、はじめは問題なく運用してきました。
おそらく、WEBからインストールするタイプのものではなくファイルアップロードタイプのプラグイン（在庫管理ツール用のもの）を入れたときからだと思うのですが、特定のことを行うと、必ずエラーになるようになってしまいました。

特定のことというのは、例えばプラグインのインストールでエラーメッセージは下記です。
エラーメッセージ「現在このリクエストを処理できません。HTTP ERROR 500」

あるいはページの編集でもエラーが出て、ただしエラーは出ますが、編集はされています。
特定のディレクトのパーミッションが狂ってしまったのではないかと思います。

この問題は新規商品登録や商品情報の編集はできるため、大きな問題ではなく、この問題をずっと放置してきたのですが、いよいよ修正したいと思います。
原因を見つけ出して修正するよりもEC-CUBE 3.0.15を再インストールしたいと考えているのですが、経験がないため以下のことを心配しています。

ロリポップ簡単インストールで再インストールするにあたって、

・ページレイアウトなど基本情報と設定が上書きされて消えてしまわないか
・販売履歴を含む顧客情報が消えてしまわないか
・商品情報が消えてしまわないか

運用中のデータに干渉することなく、EC-CUBE 3.0.15のみを再インストールするにはどのようにするのが正しいでしょうか。
※プラグインの再インストールだけはやり直すことを覚悟しています。