ありがとうございます。
規格は既存購入商品との関連付けで問題がありますので削除せず、
消せなくなっていたカテゴリについては、データベースにて該当カテゴリIDが紐付けられている部分を外すことで削除できました。

ちなみに移行については以下の流れで作業しました。

- 2系データを4系テストサイトに公式プラグインで移行
- テストサイトにて商品情報やカテゴリなどを整理
- 2系サイトから切り替え直前データを用意し、受注データと会員データのみを公式移行プラグインにて上書き
- テストサイトにサイトデータ・データベースをまるっとコピー

で移行できました。