あくまで予想ですが
配送方法に共通する支払方法を設定されていないからではないでしょうか？
配送方法プルダウンを切り替えた際、ページがリロードされると思いますが
配送方法A→配送方法Bに切り替えを行った際、
支払方法は「支払方法A」「支払方法B」のどちらかが選択された状態になっているのではないかと思います。

そうすると、配送方法切替時のリロード時、
サーバ側では
配送方法Bで有効な「支払方法C」「支払方法D」の選択肢の内、
どちらかを選択状態にしようとすると思うのですが
実際に選択中の支払方法が「支払方法A」or「支払方法B」の為、
該当無し = 入力されていません。
と判断されているのではないかと思います。

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株式会社シロハチ
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