前任者がおらず、カスタマイズが行われている場所がわからないとのことで、少し気になりましたので、ご連絡させていただきました。

こちらですが、「カスタマイズされたEC-CUBE2.13.3」と
「未カスタマイズの2.13.3のソースコード」の比較をしてみては如何でしょうか？

前任者のプログラムの書き方等もあるので、完全にカスタマイズ場所を抽出できるとは言い難いですが、ある程度ならわかるかと思います。
(ただし、2.13.3は現在非公開なので、もしお持ちでしたらの話ですが…)

今後も、他の事象が発生する可能性もあり得るので、
一度はご確認を頂いたほうがよろしいかと存じます。

ソースコードを比較するツールとしては、以下がおすすめです。
★winmearge
https://winmerge.org/?lang=ja

※決済プラグインやなどのカスタマイズまでされていた場合は比較が難しいかとは思いますが、
「eccube-2.13.5\data\class_extends」もしくは「eccube-2.13.5\data\class」が最もカスタマイズされていた記憶があります。