お困りのことと思います。
EC-CUBE3系では、小数点以下の価格登録ができません。
データベースにも、整数しか登録できない仕組みになっています。

整数しか登録できないため、10%の消費税率を適用する場合、
1円単位での「税込価格」にすることができない場合があります。
1円価格を増やすごとに、税込価格は1.1円づつ増えるためです。
これはEC-CUBE3の仕様であるため、変更は困難です。

EC-CUBE4系では、小数点以下2位まで登録可能です。
ですので、根本的な解決方法としては、
EC-CUBE4にアップデートすることとなりますが、
すぐにこれを行うのは不可能ですね・・・。

もう一つの提案としては、内部的な税率を０とし、
商品の価格をすべて「税込」価格として登録しなおすことです。
この場合、商品一覧・詳細の表示やメール文面など、各所の表示をテンプレートレベルで調整する必要がありますが、誤差は出ません。

いずれも多くの手間がかかりますので、現実的には以下の２つに絞られると思います。
(1) 端数の出る価格を受け入れる
(2) 価格設定を「誤差の出ない価格」に調整する

あまりお役に立てないレスかもしれませんが、ご参考いただけますと幸いです。

諸先輩がた、もし上記に間違いがあれば、どうかご指摘・ご指導願います。