ありがとございます。

ECCUBE_VERSIONの修正でモジュール一覧に「設定」が現れました。

メッセージを出している周辺を読むとdtb_paymentのmodule_pathが不正のときの出るメッセージでした。module_pathを正しくしても、うまくいきました。
検証環境をつくるときにdtb_paymentとの差が出てしまったようです。
お騒がせしました。