決済中に離脱した場合などに自動的に在庫を戻す機能があるのですが、その機能が重複して動作して、多く戻っていませんでしょうか？

管理画面→システム設定→パラメータ設定にて PENDING_ORDER_CANCEL_FLAG を falseにすることで、この機能を OFF にできます。
決済処理中にユーザーが離脱された場合は、手動で在庫を戻す必要がありますが、在庫が余分に戻ることは無くなるかと。