ご回答ありがとうございます。

商品を新規作成してやってみたのですが…，
1.在庫数10で商品を新規登録
2.規格を3つ在庫数0で登録
この時点では1がvisible=false，2がvisible=trueになっていると思います。
検索条件でこの商品IDと「在庫なし」で検索すると正常に検索されて一覧に当該商品が表示されます。

3.この商品の編集画面から「この商品の規格を確認」ボタンの規格登録画面で「商品規格の初期化」をして規格をなしにします。
この時点で1がvisible=trueになり2は3つともvisible=falseになると思います。
この状態で「在庫なし」の条件を入れて検索すると最初に書いたエラーになるのです。

当該商品は商品規格は削除されているので検索結果に入らないのはいいのですが，エラーになるためそれ以外の拾いたい結果が表示されなくなっているというのが現状です…。