とりあえず、プラグインからの「発送メール通知」が動作していないため、
プラグイン内のメール発送部分（伝票番号：を置き換える部分と、「発送メール通知」のリンクを生成する部分）をコメントアウトしました。
併せて、event.ymlのメール発送関連のイベントも削除しました。

Repository、Entity、doctrineに関して、
プラグイン内のものをコピーし、中身（namespaceなど）を変更したものを本体側にアップし、
Orderのdoctrine（Eccube.Entity.Order.dcm.yml）も変更した上で、
Order.phpから無事取得できました。


468さま、丁寧に教えていただいてありがとうございました。