カスタマイズされた内容の改修対応については、ここでのアドバイスは難しいかと思います。
（通常、弊社では他人がカスタマイズしたソースを改修する場合は調査を含めての有償対応としている為）

私が提案した単語検索ですが
エディタに文字の検索機能というものは付いていませんか？
どのエディタをご利用か分からないので何とも言い難いのですが
ShoppingService.phpのソースをダウンロードして確認されているのかと思い発言しました。

ECCUBE内からカスタマイズされているソースを探すという話なのであれば、
ローカルPCにECCUBE一式をダウンロードして、何かしらのツールを利用して検索する事も可能とは思います。
(私はeclipseにプロジェクトとして取り込んでソース内検索を行いますが...)

Linuxコマンドを使いなれているのであれば、
サーバにSSHで接続してgrep検索を実行すれば、指定したディレクトリ全体のソース検索を実行できるとは思います。

FTPで調査されているという事ですので更新日時の違いをチェックされているのだと思います。
その方法でも変更されたファイルは判断できると思います。
デフォルトのECCUBE3では
送料の無料条件判定は、ShoppingService.phpのfunction setDeliveryFreeAmount(), function setDeliveryFreeQuantity()で
行われていますので
その辺りに何かカスタマイズの処理を追記されているのではないでしょうか？

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株式会社シロハチ
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